Als een wonder gedefinieerd wordt als iets bovennatuurlijks, dan hangt alles af van onze definitie van "natuurlijk", of van "natuur".
De natuur bestaat uit de dingen die "existeren" en de manier waarop deze zich op zichzelf ontwikkelen; per definitie is de natuur dus een gesloten systeem, hetzij determinstisch, hetzij indeterministisch. (In dat laatste geval zijn verschillende ontwikkelingen van het systeem mogelijk, hetzij door invloeden van buiten, hetzij door "puur toeval", wat dat dan ook moge zijn.)
Een naturalist gelooft niet in wonderen omdat zijn basisgeloof is dat er niets bestaat dat de natuur transcendeert en dat invloed uitoefent op het verloop ervan; voor een naturalist is de natuur per aanname een gesloten systeem. Hetzelfde geldt feitelijk voor een deist, die Gods handelen per aanname beperkt tot het in gang zetten van de natuur.
Als we echter mens en God serieus nemen, dan zijn er verschillende "agents" die de natuur transcenderen en determineren. De mens zelf is zo'n agent: hij wordt niet volledig bepaald door natuurprocessen, maar heeft in zijn persoonlijkheid iets dat "vrij" is, dat van een standpunt buiten het natuurlijke beslissingen neemt die een effect hebben op de natuur rondom hem. Een mens kan kiezen of hij zijn arm in beweging brengt om de buurman te slaan, of niet. Deze keuze is buitennatuurlijk, maar niet tegennatuurlijk (het proces van slaan verloopt verder via natuurlijke processen) en niet bovennatuurlijk (de mens is niet in staat om een natuurwet te "overrulen"). Wij beschouwen i.h.a. de gevolgen van onze initiatieven, van ons ingrijpen in de natuur, niet als een wonder.
God is ook een agent die de natuur transcendeert. Ook hij kan bepalen wat er wel of niet gebeurd. Hij kan ook naar believen de natuurwetten overrulen, al is dat niet zijn modus operandi, zijn gewone manier van doen. Wanneer wij een dergelijke actie van God in de werkelijkheid onderkennen, noemen wij het wonder. Dat is niet alleen een onderkenning van iets tegennatuurlijks, of buitennatuurlijks; het is ook een erkenning van iets bovennatuurlijks en een herkenning van God als persoon. Althans, dat zou het moeten zijn.