De kerngedachte dat God Liefde is (Zie ook Deus Caritas Est) en de overtuiging dat geweld niet gebruikt zou kunnen worden met een beroep op de leer van Christus, heeft niet kunnen voorkomen dat christenen vervolgd, gemarteld en gedood hebben, omdat anderen weigerden de christelijke leer te aanvaarden(Zie ook Kerstening). De conflicten binnen het christendom zelf hebben geleid tot vervolgingen van de ene christelijke groep door een andere. Zo werden protestanten vervolgd door de Rooms-Katholieke Kerk en stonden katholieken bloot aan protestantse vervolging. Deze vervolging is enkel mogelijk geweest door de nauwe banden die bestonden tussen Kerk en Staat. Het succes van verschillende stromingen is soms zelfs maatgevend beïnvloed door de steun van de Staat.
De Europese expansie en kolonisatie werden goedgekeurd door het Kerkelijk gezag, met name door de Rooms-Katholieke Kerk en Anglicaanse Kerk. Op hun beurt beschouwden de koloniale overheden de missioneringsactiviteiten van de Kerken als steunpilaar van de koloniale orde. Enerzijds werd de exploitatie van de gekoloniseerde landen gewettigd, anderzijds hebben juist de christelijke kerken revolutionaire gedachten in de koloniale gebieden geïntroduceerd. Enerzijds leidde de kolonisatie tot de vernietiging van vele lokale culturen, anderzijds hebben juist de kerken veel van lokale culturen bewaard voor de ondergang en geïncultureerd. Dit tweezijdige proces valt het bijzonder in Zuid-Amerika waar te nemen (zie Inca's en Azteken).
In het Europa van de Middeleeuwen en de Nieuwe Tijd bracht de Kerk toverij in verband met de duivel. Satan, de Antichrist, was de grote vijand van de Kerk. Goed en Kwaad, Licht en Duister voerden een eeuwige strijd. Het nog vrij onschuldige volksgeloof in heksen en demonen werd in deze periode echt gevaarlijk: heksen werden beschouwd als duivelaanbidders.
Tot lang in onze eeuw kregen catechisanten dat te leren uit de 'Mechelse Catechismus': "Tooverij is met de hulp des duivels iets wonderbaars uitwerken." En het eerste gebod verbood "alle afgoderij, superstitie, tooverij, heiligschennis, ketterij en alle ongelovigheid, wanhoop en haat tegen God." Heksen werden door de Kerk afgeschilderd als duivelaanbidders met als gevolg de heksenvervolging.
Het is een misverstand te geloven dat de grote heksenvervolgingen zich in de Middeleeuwen afspeelden. Weliswaar was het geloof in hekserij veel ouder, maar tot dan toe werd de schuldige niet ter dood gebracht, zoals dat in de tijd van de grote heksenvervolging, namelijk de 15e- en vooral de 16e- en 17e eeuw, wel de geëiste straf was. Waarschijnlijk heeft de door pestepidemieën veroorzaakte onzekerheid ertoe bijgedragen dat in de latere Middeleeuwen de samenleving bevangen werd door een ware heksenpsychose. Ook golden voor heksen in die tijd de normale procesregels. Heksenprocessen waren een uitvloeisel en opvolger van de ketterprocessen die plaatsvonden tijdens de Reformatie. Opmerkelijk was dat zij met name tegen vrouwen waren gericht, zeker wanneer zij hun kennis en kunde ten toon spreidden, die van oudsher door vrouwen werden overgeleverd en die vaak teruggaat tot oude cultussen rond de Moedergodin.
Patriarchaal gerichte religies, zoals het Christendom, hadden eeuwen lang gepoogd deze hardnekkige cultussen in te bedden in de eigen visie en traditie (in de vorm van bijvoorbeeld de Mariacultus). Wanneer vrouwen in de samenleving op eigen houtje bleken door te gaan met praktijken om mensen te genezen, zoals ze met hun kruidenkennis vanouds hadden gedaan, werden ze verketterd en met de vinger gewezen. Zij betekenden immers een potentiële ondergraving van de macht van (mannelijke) priesters die daarin gaarne bijgestaan door de (mannelijke) aantredende wetenschappers.
Geen geweld? De historie laat wat anders zien
